Твиттер NieR: Re[in]carnation в течении нескольких месяцев постил хронологию серии. Приводим её всю здесь.

«Мир NieR 01 – 2003 год нашей эры»
Неожиданное появление белого гиганта и красного дракона в Синдюзку. К тому же в Синдюзку распространяется таинственная болезнь, источником которой являются неизвестные частицы Масо.

«Мир NieR 02 – 2016 год нашей эры»
Мистическая болезнь, заражая людей, делает их жестокими. Потому страны начали укреплять армии для борьбы. Япония так же открывает Национальную Оружейную Лабораторию и начинает исследовать “Магические частицы”, чтобы использовать их в качестве оружия.

«Мир NieR 03 – 2053 год нашей эры»
Начался «проект Гештальт», при котором происходит изъятие человеческой души и который был создан как контрмеры против странной болезни. Однако, оказалось, что изъятая душа со временем деградирует и умирает. Тем временем была найдена первая личность, способная сохранять своё эго.

«Мир NieR 04 – 3470 год нашей эры»
С уничтожением оригинального Гештальта, план Гештальт провалился.

«Мир NieR 05 – 11937 год нашей эры»
Неопознанные Летающие Объекты появились по всей Земле и сбрасывают на поверхность оружие, называемое “Механические Формы Жизни”. Живущие тут и там андроиды, создают базу на орбите и производят решающее оружие “YoRHa”.

«Мир NieR 06 – 11941 год нашей эры»
Проводится первая боевая операция с участием экспериментальных моделей YoRHa. Всего десантируется 16 моделей. Но, в итоге, уничтожены все, кроме одной.

«Мир NieR 07 – 11945 год нашей эры»
Орбитальная база Бункер пала, но армия человечества успешно уничтожила крупнейшее производство Живых Машин. 14 Война Машин подошла к концу.

«Мир NieR 08 – год нашей эры “засекречен”».
Подтверждено существование пустого бесконечного пространства с длинными строениями. Точное местоположение и временная линия пространства под названием «Клетка» не раскрывается.
Касательно последних двух частей истории:
Даичи Мацукава, глава NieR: Re[In]carnation, в твиттере написал, что на прошлом изображении “Мира NieR” красная линия была сверху. А на новом она снизу. На всех остальных изображениях подобного эффекта нет.
Вполне может быть, что это намёк на то, что Клетка как-то связана с Ковчегом из финала NieR: Automata или происходит после данных событий.